Το ουροποιητικό σύστημα φυσιολογικά είναι στείρο μικροβίων. Λόγω της ανατομικής διαφοράς μεταξύ ανδρών και γυναικών (μήκος ουρήθρας, εξωτερικά γεννητικά όργανα, προστάτης αδένας) σε κάθε περίπτωση ουρολοίμωξης εξετάζουμε την ύπαρξη ή μη κωλύματος κατά μήκος του ουροποιητικού, την ύπαρξη ή μη ουρολιθίασης, τη συσχέτιση των λοιμώξεων με τις σεξουαλικές πρακτικές καθώς και την ύπαρξη νοσημάτων που προκαλούν έκπτωση της άμυνας του οργανισμού όπως ο σακχαρώδης διαβήτης. Ανάλογα με το επίπεδο της ουρολοίμωξης, την βαρύτητα της λοίμωξης και την ύπαρξη ή μη επηρεασμένης νεφρικής λειτουργίας ο Νεφρολόγος καθορίζει το κατάλληλο αντιβιοτικό, τη δοσολογία και τη διάρκεια της θεραπείας.